Continúa exactamente donde terminó la película. Harlock, Tochiro y Emeraldas son ahora proscritos buscados por el Imperio Illumidas. La historia se centra en la búsqueda del "Planeta de la Paz" (Arcadia), un lugar legendario donde la humanidad podría vivir libre de la opresión alienígena, mientras son perseguidos por el capitán Reol y el implacable Mr. Zone.