La historia de Wagaya no Liliana-san gira en torno a la relación entre Liliana, una chica sensible al maná debido a su especie de «Magi», y Tatsuya, un estudiante. Se conocen por primera vez cuando Tatsuya la encuentra inconsciente en un callejón oscuro rodeada de perros salvajes a los que ahuyenta. Después de eso, Liliana decide darle a Tatsuya su corazón y su cuerpo para que se convierta en la novia de Tatsuya.