Cyborg 009 narra la historia de nueve personas que han sido convertidas en cyborgs experimentales por una organización de malvados terroristas, Fantasma Negro. Estos nueve cyborgs, con la ayuda de un científico, se vuelven contra el control de dicha organización. Por este motivo, Fantasma Negro decide mandar más cyborgs con el fin de destruir a los nueve cyborgs rebeldes, causando la destrucción por todo el mundo.