Un meteorito del espacio exterior se estrellará en la Tierra, en una gran zona de hielo. El Professor Lund y sus compañeros (incluyendo su hijo, Tory) saben que deben observar y estudiar los Pokémon en las zonas de hielo cuando el catastrófico meteoro se estrelle finalmente. De este desastre emerge un nuevo Pokémon, Deoxys. Pero, apenas hace su aparición, entra en batalla con otro Pokémon, Rayquaza, y el Professor Lund y Tory quedan atrapados en esta batalla climática entre estos dos titanes. Cuatro años después, Ash, Pikachu, y sus amigos llegan a la moderna ciudad de Larousse, listos para librar batallas en la famosa Torre de Batalla de la ciudad. Allí se encuentran con Tory, que se encuentra con todavía con miedo por su encuentro Pokémon anterior, y se mantiene apartado de ellos. Ahora, Ash y compañía tratarán de ayudar a Tory a perder su miedo a los Pokémon, y luego Deoxys reaparecerá.