دمرت فصيلة فضائية تُدعى غاونا كوكب الأرض، تاركةً البشرية تُكافح من أجل البقاء على متن سفينة الفضاء سيدونيا. ورغم مرور قرن على آخر لقاء مع الغاونا، إلا أن الخدمة العسكرية إلزامية. بالنسبة لناغاتي تانيكازي، الذي أخفاه جده سرًا في أعماق سيدونيا المنسية، يُعد هذا عالمًا جديدًا غريبًا عليه، إذ يُجبر على الصعود إلى السطح. لكن تجنيده يأتي في الوقت المناسب تمامًا، فقد عاد الغاونا للظهور فجأة.