Pastel Memories spielt im zukünftigen Akihabara, wo die Otaku-Kultur allmählich rückläufig ist. Spieler schlüpfen in die Rolle von Ladeninhabern eines Otaku-Geschäfts und müssen zusammen mit den Heldinnen, allesamt weibliche Otaku, anderen Menschen dabei helfen, ihre Erinnerungen als Otaku zurückzuerlangen.