Merc Storia spielt in einer Welt, in der Menschen und Monster miteinander koexistieren. Yuu ist ein angehender Heiler und besitzt die besondere Fähigkeit, Monster zu zähmen. Eines Tages trifft er auf Merc, ein Mädchen, das in einem Flakon eingesperrt ist. Um ihre Erinnerungen wiederherzustellen, begeben sich die beiden auf eine abenteuerliche Reise!