In einem alternativen Universum regiert das Tokugawa Shogunat immer noch über Japan. An der Buou Akademie werden Kinder aus Militärfamilien zu Samurai Kämpfern ausgebildet. Der Schülerrat versucht sein Bestes, aufkeimende rebellische Elemente sofort zu unterdrücken und auszumerzen. Ein Schüler, Muneakira Yagyu , versucht mit der Hilfe mehrerer Mädchen, den Samurai Girls, gegen den Schülerrat zu kämpfen.