Die beiden Labormäuse Pinky und Brain haben auf dem Weg zur Weltherrschaft ab sofort nicht mehr nur mit ihren sehr gegensätzlichen Temperamenten und den Tücken des Schicksals zu kämpfen. In ihren neuen Abenteuern müssen sie sich zudem noch ein kleines, „schlagfertiges“ Mädchen, die allzu anhängliche Elmyra, vom Hals halten …