Vor 30 Jahren griffen Aliens die Erde an und hätten die Menschheit beinahe ausgerottet. Seitdem währt der Überlebenskampf gegen sie. Die UNO gründete EXCEEDS zur Abwehr außerirdischer Bedrohungen. Auf einer abgelegenen Insel in dieser Welt voller Chaos sehnt sich die junge Shiina nach einem ruhigen Leben mit ihrer Schwester Setsuna, doch ein Zwischenfall zieht sie in einen großen Kampf.